В загадочном городе Юкимура происходит жестокое убийство бизнесмена Кендзи Танаки — на груди жертвы алеет тёмный цветок из крови, а рядом с телом лежит таинственный амулет с узором из сакур. Расследовать преступление берётся необычная команда — группа «Сакура 6»: шесть девушек с уникальными способностями.
Саки — харизматичный лидер и оптимистка, задающая тон всей команде; Рио — хладнокровный аналитик и стратег; Нагиса — эмпат, чувствующий атмосферу города; Хитоми — проницательная исследовательница, выискивающая малейшие улики; Ноа — заботливая защитница, поддерживающая подруг; Ханаэ — девушка с особой чувствительностью к энергии мест, нашедшая амулет, который может стать ключом к разгадке.
К расследованию подключается циничный детектив Такахаши. Поначалу он скептически относится к попыткам молодых женщин раскрыть убийство, но постепенно проникается их решимостью и присоединяется к поискам истины.
По мере продвижения расследования герои сталкиваются с нарастающей опасностью: за ними следят, им угрожают, их пытаются остановить любой ценой. Девушки раскрывают связь убийства с могущественным преступным синдикатом и его безжалостным лидером Казуо Миямото. Расшифровывая предсмертное послание Танаки, команда понимает: на кону не только раскрытие преступления, но и безопасность всего города.
В отчаянной схватке в пентхаусе Миямото «Сакура 6» и детектив Такахаши дают отпор преступникам. Благодаря сплочённости, уникальным способностям и вере в справедливость героини одерживают победу — Миямото арестован, а Юкимура наконец может вздохнуть с облегчением.
Но девушки знают: борьба с преступностью не закончена. Превратившись из обычных жительниц в защитниц города, они готовы встречать новые вызовы. Их связь стала крепче, а решимость — твёрже: впереди их ждут новые испытания, но теперь они точно знают — вместе они смогут преодолеть любые трудности.
